A cirurgia anti-refluxo está indicada na falha do tratamento medicamentoso e quando aparecem as complicações da doença. A endoscopia é muito importante para essa avaliação, pois permite ao médico olhar o esôfago e o estômago por dentro e fazer biópsias. A doença do refluxo gastroesofagiano refratária aos medicamentos tende a evoluir para esofagite podendo provocar alterações do revestimento interno do esôfago, como ulcerações, metaplasia e displasias (Doença de Barrett), que em alguns casos pode evoluir para câncer. A cirurgia tem como objetivo controlar os sintomas, acabar com a agressão ao esôfago e interromper a evolução da doença.